La lisil endopeptidasa rompe los enlaces petídicos en la terminal carboxílica para los residuos lisina y S-aminoetilcisteína, siendo una herramienta valiosa para el análisis de la estructura primaria de peptidos y proteínas, además de la síntesis enzimática de compuestos Lys-X. Conserva la actividad luego de la incubación en urea 4M o en solución SDS 0.1%.